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使用木瓜蛋白酶有效降解蛋白质底物,同时最大限度地减少细胞损伤。这种蛋白酶具有广泛的特异性,但偏爱。天然结晶木瓜蛋白酶在被温和的还原剂(例如、硫化物或亚硫酸盐)作用之前是无反应性的,因此可能以酶原的形式存在。与其他相比,这种酶有助于蛋白质底物的更广泛降解,例如软骨中的细胞间基质蛋白。它通常比其他用于组织解离应用的蛋白酶(Huettner & Baugham;Lam) 的 Lam)。木瓜蛋白酶也用于神经组织的消化
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